Nutrition & santé

SIBO traitement naturel : comprendre et apaiser durablement la prolifération bactérienne intestinale

Mis à jour le 8 septembre 2025
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Vous souffrez de ballonnements persistants, de douleurs abdominales et d’une digestion capricieuse ? Le SIBO (Small Intestinal Bacterial Overgrowth) pourrait être à l’origine de ces symptômes. Découvrez les mécanismes de cette prolifération bactérienne dans l’intestin grêle et comment la reconnaître. Retrouvez également, dans ce guide, les solutions naturelles éprouvées pour rétablir votre confort digestif.

Ce qu’il faut retenir :

  • Le SIBO correspond à une prolifération anormale de bactéries dans l’intestin grêle.
  • Il provoque des ballonnements, douleurs abdominales, troubles du transit et parfois une fatigue ou des carences.
  •  Le diagnostic repose principalement sur le test respiratoire à l’hydrogène ou au méthane, permettant de confirmer la fermentation précoce dans l’intestin grêle.
  • Ce trouble demande une prise en charge médicale, éventuellement compatible avec des traitements naturels.
  • Pour prévenir les récidives, il est essentiel d’adopter une hygiène de vie favorable à la digestion et d’effectuer un suivi médical régulier.

SIBO : qu’est-ce que cette prolifération bactérienne dans l’intestin grêle ?

Définition simple du SIBO : quand les bactéries s’invitent là où il ne faut pas

Le SIBO, abréviation de Small Intestinal Bacterial Overgrowth, désigne une prolifération anormale de bactéries dans l’intestin grêle. En temps normal, celui-ci contient très peu de bactéries, contrairement au côlon qui en est un véritable vivier. Lorsque cet équilibre physiologique est rompu, on constate des perturbations au niveau de la digestion et de l’absorption des nutriments.

Ce trouble digestif entraîne différents symptômes, notamment :

  • Ballonnements
  • Douleurs abdominales
  • Diarrhées
  • Constipation

Différence entre SIBO, IMO et microbiote intestinal sain

Vous le savez déjà, le système digestif est colonisé par de nombreuses bactéries. Selon les situations, on peut cependant distinguer les proliférations bactériennes saines de celles qui sont anormales. Parmi les cas “pathologiques”, on retrouve donc le SIBO qui se différencie d’un autre trouble appelé IMO (Intestinal Methanogen Overgrowth). Celui-ci se caractérise par une croissance excessive de micro-organismes producteurs de méthane, souvent associés à la constipation.

À l’inverse, un microbiote intestinal sain se définit par une répartition équilibrée des bactéries, majoritairement au niveau du côlon. Loin de créer des problèmes, elles participent, au contraire, à la fermentation des fibres, à l’absorption des nutriments et au maintien de la santé digestive.

Pourquoi l’intestin grêle est-il normalement pauvre en bactéries ?

Au sein du système digestif, l’intestin grêle est conçu pour assurer l’absorption optimale des nutriments. Il doit donc rester relativement pauvre en bactéries afin de ne pas interférer avec ce processus. Plusieurs mécanismes naturels empêchent normalement la prolifération de microbes à ce niveau : sécrétion d’acide gastrique par l’estomac, sécrétion de bile par la vésicule biliaire, mouvements péristaltiques des intestins, etc. Lorsque ces processus sont perturbés, le risque de SIBO augmente.

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Reconnaître les symptômes du SIBO : les signes qui ne trompent pas

Les troubles digestifs au premier plan

Les symptômes digestifs sont évidemment les plus caractéristiques du SIBO. Les personnes touchées décrivent souvent des ballonnements importants après les repas, une production excessive de gaz, des douleurs abdominales diffuses et des troubles du transit. De plus, selon la nature de la prolifération bactérienne, on peut constater de la diarrhée, de la constipation ou une alternance des deux.

Symptômes moins connus, mais fréquents

Au-delà des manifestations digestives, le SIBO peut aussi provoquer des signes plus généraux :

  • Fatigue persistante
  • Brouillard mental (difficultés de concentration, mémoire altérée)
  • Carences en vitamines et minéraux

Quand les symptômes du SIBO miment ceux du syndrome de l’intestin irritable (SII)

On confond souvent le SIBO avec le syndrome de l’intestin irritable (SII), car ces deux pathologies partagent de nombreux symptômes digestifs. Cependant, le SIBO résulte d’une cause infectieuse identifiable par des examens. Le SII, lui, est considéré comme un trouble fonctionnel uniquement. Un diagnostic précis est donc essentiel pour adapter la prise en charge.

Quels sont les causes et facteurs favorisant l’apparition d’un SIBO ?

Le rôle clé du complexe moteur migrant (CMM) : le « balayeur » de l’intestin

Le système digestif est mécaniquement actif et dynamique. Ainsi, entre les repas, le complexe moteur migrant (CMM) agit comme un système de nettoyage. Ses contractions rythmiques permettent d’évacuer les résidus alimentaires et les bactéries vers le côlon. Lorsqu’il ne fonctionne pas de façon normale, les bactéries peuvent stagner et proliférer dans l’intestin grêle. Cela favorise alors l’apparition d’un SIBO.

Hypochlorhydrie : quand le manque d’acidité gastrique ouvre la porte aux bactéries

L’acidité gastrique joue également un rôle de barrière naturelle contre les bactéries ingérées avec les aliments. En cas d’hypochlorhydrie (sécrétion insuffisante d’acide chlorhydrique par l’estomac), cette défense est affaiblie et les bactéries arrivent en plus grand nombre dans l’intestin grêle. Ce phénomène peut être lié à l’âge, à certaines pathologies ou encore à l’usage prolongé de médicaments qui réduisent l’acidité.

Dysfonctionnements structurels et post-chirurgicaux

Certaines anomalies anatomiques ou certaines chirurgies digestives favorisent la stagnation du bol alimentaire et des bactéries dans l’intestin grêle. Ces conditions créent un environnement propice à une prolifération microbienne anormale.

Prise de certains médicaments

Les inhibiteurs de la pompe à protons (IPP), utilisés contre les reflux gastriques, réduisent fortement l’acidité de l’estomac. Ils augmentent donc le risque de SIBO. De même, les cures répétées d’antibiotiques peuvent déséquilibrer le microbiote intestinal, fragiliser les défenses naturelles et laisser place à une recolonisation inappropriée de l’intestin grêle.

Autres facteurs favorisants

Au-delà des causes directes, plusieurs facteurs peuvent ménager des conditions qui favorisent un SIBO. Par exemple :

  • Le stress chronique peut perturber la motricité digestive et affaiblir l’immunité en général.
  • Une alimentation déséquilibrée, riche en sucres fermentescibles, peut encourager la prolifération bactérienne.
  • Certaines pathologies comme le diabète, la maladie cœliaque ou les troubles thyroïdiens augmentent également le risque de développer un SIBO.

Le diagnostic du SIBO : comment savoir si vous êtes concerné ?

L’importance de consulter un professionnel de santé

En présence de symptômes évocateurs, il est essentiel de consulter un professionnel de santé. Un médecin généraliste ou un gastro-entérologue pourra évaluer vos symptômes, écarter d’autres pathologies digestives et vous orienter vers les examens adaptés.

Le test respiratoire à l’hydrogène et/ou au méthane : principe et déroulement

En cas de suspicion de SIBO, le test respiratoire est l’examen de référence pour confirmer le diagnostic. Il consiste à ingérer une solution de glucose ou de lactulose, puis à mesurer régulièrement la concentration en hydrogène et/ou en méthane dans l’air expiré. Une élévation rapide de ces gaz traduit une fermentation précoce dans l’intestin grêle qui est elle-même le signe d’une prolifération bactérienne anormale.

Autres examens possibles et diagnostics différentiels

Dans certains cas, d’autres examens complémentaires peuvent être envisagés :

  • Analyses sanguines pour rechercher des carences nutritionnelles
  • Endoscopie ou biopsie pour évaluer la santé de la muqueuse intestinale
  • Tout test permettant d’éliminer ou de confirmer un diagnostic différentiel en cas de doute (maladie cœliaque, intolérance au lactose, syndrome de l’intestin irritable…)

Traitement naturel du SIBO : une approche globale en plusieurs étapes

Phase 1 : Réduire la charge bactérienne avec des agents antimicrobiens naturels

Les plantes aux vertus antibactériennes reconnues : comment agissent-elles ?

Certaines plantes possèdent des propriétés antimicrobiennes qui aident à limiter la prolifération bactérienne dans l’intestin grêle. Par exemple, l’huile d’origan, la berbérine (actif issu de plantes comme l’épine-vinette) ou encore l’ail sont souvent étudiés pour leur capacité à inhiber la croissance bactérienne dans le système digestif. Leur action est plus douce que celle des antibiotiques classiques, mais doit toujours être encadrée par un professionnel de santé.

 L’intérêt des huiles essentielles

Certaines huiles essentielles, comme celles de cannelle, d’origan ou de thym, présentent également une action antimicrobienne. Toutefois, leur usage nécessite des précautions strictes : elles peuvent être irritantes, toxiques à forte dose ou contre-indiquées dans certaines situations (grossesse, pathologies chroniques, traitements en cours).

💡 Attention : L’automédication avec des huiles essentielles est déconseillée. Consultez systématiquement un professionnel de santé formé à l’aromathérapie avant d’y avoir recours pour traiter vos troubles.

Phase 2 : Adapter son alimentation pour ne pas « nourrir » le SIBO

Le régime pauvre en FODMAPs : principes, aliments à limiter et à privilégier temporairement

Le régime pauvre en FODMAPs consiste à réduire temporairement la consommation de sucres fermentescibles (lactose, fructanes, polyols, etc.). En effet, ces derniers sont particulièrement prisés par les bactéries responsables du SIBO qui s’en nourrissent afin de se multiplier plus rapidement. Ce type d’alimentation permet de limiter les ballonnements et fermentations tout en apaisant les symptômes digestifs.

L’importance d’une alimentation anti-inflammatoire et digeste

Favoriser une alimentation anti-inflammatoire et limiter les produits transformés contribue à réduire l’inflammation intestinale. Choisir des aliments faciles à digérer, notamment avec des cuissons douces et des textures adaptées (purée, soupe, etc.), permet aussi de ménager l’intestin grêle fragilisé.

Focus sur la mastication et la prise des repas dans le calme

La mastication prolongée et une prise des repas dans un environnement calme améliorent la digestion sur le plan mécanique et réduisent la charge de travail de l’intestin. Ces gestes simples favorisent une meilleure assimilation des nutriments et participent à soulager les symptômes du SIBO.

Phase 3 : Soutenir la digestion et la motilité intestinale

Optimiser la production d’acide gastrique et d’enzymes digestives naturellement

Un bon niveau d’acidité gastrique et une production suffisante d’enzymes digestives sont essentiels pour limiter la survie des bactéries et améliorer l’assimilation des nutriments. Certains gestes, comme manger lentement, limiter l’eau en excès pendant les repas ou consommer des aliments amers (radis noir, chicorée), peuvent aider à stimuler ces sécrétions.

Les prokinétiques naturels pour stimuler le complexe moteur migrant

Certaines molécules appelées prokinétiques soutiennent le complexe moteur migrant (CMM) en favorisant les contractions intestinales. Des plantes comme le gingembre ou l’artichaut favorisent cette motricité et aident à éviter la stagnation des bactéries. Leur usage peut s’intégrer dans une prise en charge globale, toujours sous contrôle médical.

Phase 4 : Réparer la muqueuse intestinale et restaurer l’écosystème

Lutter contre l’hyperperméabilité intestinale (leaky gut)

Les bactéries qui prolifèrent dans le cadre d’un SIBO fragilisent souvent la paroi intestinale. Elles favorisent alors une hyperperméabilité (ou « leaky gut »). Pour régénérer la muqueuse, certains nutriments comme la glutamine, le zinc ou encore des extraits de plantes peuvent être utilisés pour réparer les dégâts occasionnés.

L’utilisation judicieuse des probiotiques : quand et lesquels choisir après un SIBO ?

Une fois la charge bactérienne réduite et la muqueuse renforcée, certaines souches spécifiques de probiotiques peuvent aider à rééquilibrer le microbiote. Elles doivent toutefois faire l’objet d’une sélection pour ne pas nuire à la santé digestive. Dans le cadre d’un SIBO, les probiotiques doivent, effectivement, être introduits avec précaution. Pris trop tôt ou mal choisis, ils peuvent aggraver ses symptômes.

Prébiotiques : nourrir les bonnes bactéries avec discernement

Les prébiotiques (des fibres qui nourrissent les bonnes bactéries du microbiote) peuvent également être introduits progressivement et au bon moment. Un excès ou une introduction trop précoce peut relancer les fermentations et entretenir les symptômes. Utilisés avec discernement, ils permettent cependant de restaurer durablement un microbiote intestinal équilibré.

Stratégies complémentaires pour un soulagement durable du SIBO

Gestion du stress et impact sur la santé digestive

Comme nous l’avons précédemment évoqué, le stress chronique perturbe la motricité digestive et peut affaiblir les défenses immunitaires intestinales. Des pratiques comme la respiration profonde, la cohérence cardiaque, la méditation ou le yoga contribuent à réduire la charge de stress. Elles aident donc indirectement à rétablir un fonctionnement digestif plus harmonieux.

L’importance d’un sommeil réparateur

Un sommeil de qualité joue un rôle central dans la régénération de la muqueuse intestinale et dans l’équilibre du microbiote. Le manque de sommeil fragilise, en effet, les défenses naturelles et peut accentuer les déséquilibres digestifs.

Mettre en place une hygiène du sommeil (rythme régulier, réduction des écrans avant le coucher, ambiance propice dans la chambre) est une étape incontournable du rétablissement. Si vous avez du mal à vous endormir, vous pouvez également envisager la prise de mélatonine pour retrouver des horaires plus réguliers.

Activité physique adaptée pour stimuler le transit

Une activité physique régulière et modérée, comme la marche, la natation, le yoga ou le Pilates, stimule la motricité intestinale et favorise la régulation du transit. De plus, l’exercice contribue également à réduire le stress et à soutenir l’équilibre global du microbiote. L’important est de privilégier une activité adaptée à son état de santé, sans excès qui pourrait fragiliser davantage l’organisme.

Quand envisager des compléments alimentaires spécifiques pour le SIBO ?

Les compléments alimentaires peuvent représenter un soutien précieux lorsqu’ils s’intègrent dans une approche globale, encadrée médicalement. Ils ne remplacent en aucun cas une prise en charge médicale sérieuse, mais peuvent accompagner chaque phase du traitement naturel du SIBO.

En choisissant des formulations naturelles, comme celles proposées par Apyforme, il est possible d’apporter un soutien complémentaire à chaque étape, tout en respectant la physiologie digestive. N’hésitez pas à échanger sur cette question avec le professionnel de santé qui vous suit.

Prévenir les récidives du SIBO : les bonnes habitudes à adopter

Maintenir une alimentation équilibrée et diversifiée à long terme

Une fois le SIBO traité, votre objectif est de préserver l’équilibre de votre microbiote. Pour cela, adoptez une alimentation variée et riche en fibres. Évitez les excès de sucres raffinés et de produits ultra-transformés. Cela aidera à limiter les fermentations indésirables et à soutenir une flore intestinale saine.

Soutenir durablement sa fonction digestive

Pour maintenir une bonne digestion, il est important de favoriser la production d’acide gastrique et d’enzymes digestives, mais aussi la motilité intestinale. De simples habitudes, comme bien mastiquer, respecter des temps de repos entre les repas et pratiquer une activité physique régulière, aident à préserver la fonction digestive et à limiter le risque de rechute.

Être attentif aux premiers signes et agir rapidement

Les personnes ayant déjà souffert d’un SIBO sont susceptibles de connaître une récidive. Rester attentif aux signes précoces (ballonnements, douleurs, troubles du transit) permet d’agir rapidement, avant que la prolifération bactérienne ne s’installe de nouveau. Consulter un professionnel de santé dès l’apparition de symptômes évocateurs est le meilleur moyen de limiter les complications et de protéger durablement votre équilibre intestinal.

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Vivre avec un SIBO : conseils et ressources pour aller plus loin

L’importance du suivi par un professionnel de santé

Vous l’avez compris, le SIBO est une affection complexe qui nécessite un accompagnement médical. Réaliser un suivi régulier auprès d’un gastro-entérologue, d’un nutritionniste ou d’un praticien spécialisé en micronutrition permet d’adapter les traitements et l’hygiène de vie, de façon à prévenir les récidives et mieux gérer les symptômes.

Trouver du soutien et ne pas rester isolé face à la maladie

Vivre avec un SIBO peut être éprouvant physiquement et moralement. Rejoindre des groupes de soutien ou des associations de patients aide à partager son expérience et à se sentir compris. Échangez avec le médecin qui vous suit sur cette question, il pourra probablement vous donner les coordonnées de personnes aptes à vous accompagner au quotidien.

Vous savez désormais l’essentiel sur le SIBO et ce que vous pouvez faire pour mieux vivre avec ce trouble.

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